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　　战争理论和战略研究部：原为战争理论研究部，1986年7月改称为战略研究部，2003年12月改为现称。主要从事军事思想研究、国际安全战略和国防发展战略研究、我军军事战略和战略基础理论研究、中国历代军事思想和军事战略研究、军事历史研究以及军事主题词、军事志等研究工作。

　　作战理论和条令研究部：原为战术研究部，1958年军事科学院建院时成立。2003年10月体制编制调整时，更名为作战理论和条令研究部。主要负责编修作战、训练法规和研究作战、训练理论。

　　军队建设研究部：原为军制研究部。20世纪60年代初，、元帅提出我军要建立军制研究部门。2003年12月，整编而成现军队建设研究部。主要从事国防建设、军队建设的基础理论、应用理论和对策问题研究，研究拟制相关军事法规制度，编纂和修订军事百科全书，为军委、总部决策提供咨询建议，为部队和院校提供理论指导，为国防建设、军队建设和作战服务。

　　世界军事研究部：原为外军研究部，1959年3月23日成立，主要负责国际军事研究，包括基础理论研究和现实问题研究，为军委决策当好情报信息的侦察兵和重大战略动向的瞭望哨。

　　“台海军事研究中心”：是全军专门从事台海军事研究的机构。成立4年多来，中心以党中央对台方针政策为指导，紧紧围绕反“”军事斗争准备，开展理论创新，形成了人员结构相对合理、研究能力较强的专家队伍，较好地发挥了全军台海军事研究的协作交流作用，完成了一批有价值的理论创新成果。

　　军事运筹分析研究所：1979年，经批准，军事科学院率先在全军成立了军事运筹分析研究所，开辟了运用军事运筹方法和计算机模拟技术开展军事科学研究的新领域，并取得了一批开拓性的研究成果。研制了从分队战斗到战区战役的一系列作战模拟系统，为军事科研提供了先进的信息化平台，是军事科研方法和手段的重大突破。